Potresti usare anche convert contenuto in ImageMagick: htt*://[www].imagemagick.org insieme ad un po' di scripting.
Ad esempio, sotto linux, basterebbe un for i in *.tiff; do
convert $i `echo $i|cut -f1 -d.`.jpg`;
done
e tutte le immagini tiff della directory corrente vengono convertite in jpg.
Ovviamente sotto windows bisogna usare la sintassi corretta di scripting per ottenere la stessa cosa.