Non so cosa vuoi fare, se vuoi che si avvii all'inserimento del floppy su windows devi inserire un files "autorun.inf" con indicato cosa deve eseguire, ti faccio un esempio di autorun.inf:
[autorun]
open=lancia.bat
action=Esegui programma
quindi, quando inserisci il floppy con questo file ti si aprirā la classica finestra per scegliere cosa fare, nelle opzioni troverai "Esegui programma", come vedi questi "richiama" un secondo file (lancia.bat), che dovrai creare a tua scelta ed essere sul floppy (o modificare la stringa) con i comandi necessari.
ciao.