Di solito tale messaggio compare quando qualche file presente sul disco e` ancora in uso da parte di qualche processo.
Ad esempio, potrebbe essere il programma che usi per accedere al disco (nautilus (si sembra, ma non uso gnome) o konqueror) che mantiene caricate le anteprime dei file presenti nel disco.
Per sapere che programmi stanno usando i file presenti nel disco (montato in /media/usbdisk, per esempio), dai il comando (da shell di testo e modificando opportunamente /media/usbdisk) lsof | grep /media/usbdisk